Pikmin 3 werd op de E3 van 2008 aangekondigd voor de Wii. De game bleek vervolgens een behoorlijke tijd in ontwikkeling te zijn, want door het kleine gestalte van het ontwikkelteam liet de game nog even op zich wachten. Shigeru Miyamoto, de bedenker en maker van de serie, hield iedereen hierdoor behoorlijk lang aan het lijntje. Het meest vreemde van alles was dat er nog geen enkel stukje beeldmateriaal was vrijgegeven van het spel. Echter, dat Pikmin 3 er aan zat te komen voor de Wii was een 'feit'. Miyamoto zei over het blijven uitstellen van Pikmin 3 het volgende:

"Een uitgestelde game wordt uiteindelijk goed, een slechte game zal voor altijd slecht blijven."

Echter, op de developers roundtable van de E3 in 2011 liet Miyamoto weten dat Pikmin 3 verschoven was naar de opvolger van de Wii, de Wii U.

Gezien de serie Pikmin in 2011 tien jaar bestaat, wilde Miyamoto Pikmin 3 heel graag in dat jaar uitbrengen. De game stond dan ook gepland voor dat jaar voor de Wii en de ontwikkeling liep goed op schema. Echter, toen Miyamoto de Wii U zag met de geweldige Full HD-graphics en de nieuwe controller, wist hij het zeker: de Wii U is het ideale platform voor Pikmin 3. Daarom is toen besloten om Pikmin 3 naar dat platform te verhuizen. Gezien de game al ver in ontwikkeling was voor de Wii, zal het niet lang duren voordat Pikmin 3 uit zal komen op de Wii U, aldus Miyamoto. Hij voegt er aan toe dat zijn zakelijke kant de game liever niet had aangekondigd voor de Wii U, maar dat zijn andere kant dat wel wil.