Gebruik de nieuwe upgrades van Dr. Light in je strijd tegen een bende Maverick Reploid-rebellen die X-Hunters worden genoemd. Ga op zoek naar diverse capsules om X uit te rusten met een Double Charge Shot, Body Armour en meer. X kan zich ook verplaatsen met voertuigen als de Mobile Attack Armour en Mobile Attack Cycle. Bovendien kan X de vaardigheden van verslagen Mavericks gebruiken om de wapens van vijanden tegen henzelf te gebruiken.